La transmission des connaissances médicales et la formation des médecins se sont retrouvées à la fin du Moyen Âge en Europe, entre la fin du XIIe et le début du XIIIe siècle, avec l’inclusion de l’enseignement médical dans les universités, une solution d’une extraordinaire réussite, tant en termes de systématisation, de développement et de transmission des connaissances médicales, qu’en termes d’organisation de la profession. Salerne, déjà au Xe siècle un centre d’enseignement médical réputé, bien qu’elle n’ait pas eu de structure d’enseignement légalement reconnue au Moyen-Âge et qu’elle n’ait fait partie du système universitaire qu’au XVe siècle, a néanmoins joué un rôle crucial dans l’évolution de l’enseignement médical en Italie et en Europe et dans la structure de l’enseignement universitaire lui-même, par la transmission de textes et de commentaires et de techniques d’enseignement. Entre la fin du XIIe et le début du XIIIe siècle, un groupe de professeurs et d’étudiants, attirés par la possibilité d’ouvrir des écoles gratuites et plus tard par les privilèges offerts par la fondation de l’Université, se sont déplacés de Salerne à Montpellier. Plus ou moins au même moment qu’à Montpellier, l’enseignement médical universitaire a également vu le jour à Paris, puis dans plusieurs villes italiennes.

À partir de cette période, parmi les nombreux sujets qui exercent des activités thérapeutiques ou chirurgicale à divers titres et à différents niveaux, le médecin de formation universitaire (physicus) occupe une position de prééminence culturelle et sociale sur le praticien à succès, mais dépourvue de doctrine (par exemple, le chirurgien de haut niveau). La médecine universitaire mène ainsi une reconquête progressive et de plus en plus vaste du patrimoine scientifique et médical de l’Antiquité, à travers laquelle la communauté scientifique des maîtres des facultés de médecine non seulement élabore un agencement organique et sophistiqué de la culture médicale, mais développe aussi, dans des débats complexes, la définition du niveau scientifique de la médecine dans ses deux aspects constitutifs et indissociables de la théorie et de la pratique – de scientia et d’ars – et établit son statut épistémologique.

Dans le système universitaire, la formation du médecin se fait dans un Studium général, à travers un cursus formel et progressif, qui se termine officiellement par l’obtention de diplômes académiques, obtenus par des examens de licence et de doctorat, qui le proclament doctus et expertus et lui permettent, outre l’exercice de la profession médicale, d’enseigner dans n’importe quelle Université et, éventuellement, d’intégrer un Collège doctoral. La communauté scientifique, composée de professeurs et de médiateurs engagés dans l’exercice de la profession, constitue, avec les Collèges des médecins de ville, d’abord en Italie, où les conditions sociales étaient plus favorables, puis dans le reste de l’Europe, des instruments efficaces d’autonomie et d’auto-préservation. Dans les centres urbains d’une certaine importance, mais sans médecine générale, la présence du Collège des médecins garantit non seulement le contrôle de l’exercice de la profession médicale et d’autres activités de soins, mais souvent, grâce à l’acquisition de privilèges, jalousement gardés, aussi la possibilité de reconnaître officiellement, avec l’octroi de diplômes, un cursus d’études effectué dans une médecine générale.
Les programmes d’études des pratiques médicales des différentes universités européennes ne diffèrent pas sensiblement, bien qu’il existe des variations locales exemple en chirurgie esthétique. Dans la plupart des universités, la médecine est présentée comme une discipline de niveau supérieur, à laquelle on accède après avoir suivi un cursus préparatoire en arts libéraux et philosophie naturelle. Cependant, dans les centres universitaires du nord et du centre de l’Italie, ainsi qu’à Montpellier, la médecine a réussi à acquérir une position éminente, avant cela ailleurs en Europe, d’un point de vue académique, social et professionnel. En France à Paris, les conditions économiques et sociales favorables permettent à diverses institutions publiques d’employer un grand nombre de médecins et de chirurgiens et, face à la demande de formation universitaire pour les professions juridiques et sanitaires, de nombreuses villes d’une certaine importance tentent d’obtenir une pratique générale ; beaucoup de ces universités ont cependant eu une vie courte et précaire. L’homogénéité des textes faisant autorité prescrits par les programmes d’études et des techniques d’enseignement permet une grande mobilité des enseignants et des étudiants d’une étude à l’autre. Bien qu’avec des accentuations différentes, la partie théorique de la médecine en tant que scientia, selon le modèle aristotélicien de la scire per causas, est considérée comme une discipline subordonnée à la philosophie naturelle ; la partie pratique est la scientia opérative ou ars scientifique, puisque, bien qu’intimement liée à la partie théorique, elle est ordonnée à l’opération et dicte les règles de l’opus réel. À la fin du XIVe siècle, d’abord à Bologne et à Padoue, puis également dans d’autres centres italiens, la séparation des cours de médecine théorique et de médecine pratique a été introduite, avec deux séries de chaires, ordinaires et extraordinaires, qui au début reflètent dans l’ordre hiérarchique, confirmé par la diversité des salaires, le niveau épistémologique supérieur de la médecine théorique. L’adoption comme texte privilégié du Canon d’Avicenne, autour duquel s’articulent les autres textes faisant autorité, tant pour l’enseignement de la théorie que pour la pratique, accentue le poids des aspects théoriques et doctrinaux. Un schéma adopté dans plusieurs universités prévoit que la Théorie est divisée en physiologie, la nature du corps humain, l’étiologie, les causes des maladies, la sémiotique, les signes de pathologies, la pathologie, les maladies proprement dites et la thérapeutique. Ces deux dernières parties, parmi lesquelles l’examen des maladies “a capite ad calcem”, de la tête aux pieds, revêt une importance particulière, empiétant largement sur la pratique, qui se divise à son tour en diatétique, pharmacie et chirurgie.
Certains centres comme Bologne, Padoue, mais aussi Sienne, Pavie et Pérouse, et plus tard Ferrare, ont réussi à établir une continuité dans l’enseignement et à gagner en renommée, ce qui leur a garanti un flux considérable d’étudiants provenant d’autres régions italiennes et du reste de l’Europe. Celui des universités italiennes est un cas particulier et très réussi ; en effet, un programme d’études combinant les arts et la médecine est affirmé, dans lequel, cependant, la distinction entre le cours d’arts, d’une durée générale de quatre ans, et le cours de médecine, d’une durée de quatre ou cinq ans, reste claire. Dans ces universités, en raison également de l’absence, jusqu’à une période tardive, de la théologie, enseignée aux Etudes des différents Ordres religieux, la médecine est l’aboutissement d’études scientifiques et d’études philosophiques, essentiellement préparatoires aux études médicales, d’une part caractérisent fortement l’aristotélisme au sens biologique-naturaliste, d’autre part elles caractérisent les études médicales, favorisant à la fois la réflexion épistémologique et méthodologique et l’approfondissement des problèmes de la philosophie naturelle.
La conscience de la nécessité d’une réforme de la culture médicale est arrivée à maturité entre la dernière décennie du XVe siècle et les deux premières du XVIe siècle, lorsque des personnalités qui avaient bénéficié, à l’époque pré-universitaire, d’une éducation actualisée selon l’idéal humaniste sont arrivées dans les chaires de médecine des universités du Nord de l’Italie. L’alliance des études philosophiques et scientifiques avec la philologie humaniste s’est avérée d’une importance cruciale pour la culture scientifique italienne et européenne. L’activité philologique des médecins humanistes, les seuls philologues de l’époque qui possédaient à la fois les compétences linguistiques et les connaissances techniques leur permettant de comprendre pleinement les problèmes posés par les textes médicaux, ne reste pas dans la sphère purement intellectuelle de la récupération de la culture du passé, mais a plutôt un but pratique, celui de constituer un ensemble de connaissances médicales fiables qui peuvent garantir une pratique efficace. Un moyen important de diffusion a été, comme par le passé, la mobilité des enseignants. La peregrinatio studiorum des étudiants contribue également à la diffusion de la nouvelle médecine. Les nouveautés de l’enseignement médical italien attirent un grand nombre d’étudiants étrangers. L’étude directe des textes est également à la base d’autres développements importants ; en effet, les seules nouveautés qui parviennent à pénétrer durablement dans les programmes d’études, à savoir l’étude renouvelée de l’anatomie et de la botanique, qui parviendront progressivement à s’imposer comme des matières indépendantes, sont au départ précisément le résultat de cette meilleure connaissance des travaux de Galien et des botanistes grecs.
Le mélange de philosophie naturelle et de médecine est une caractéristique spécifique et innovante des universités italiennes. L’anatomie, bien qu’elle ait été, à juste titre, au centre de l’historiographie, n’est qu’un des cas de collabo-ration étroite entre les compétences de physicus et celles d’autres professions.